蒋介石自掌握国民党实权以来，有两个大的问题一直都处理不好，一是我党的问题，另一是派系问题，特别是军事派系的问题，地方军系不信任蒋，蒋也只信任黄埔军系，如此一来，中央与地方的嫌隙越陷越深。
抗日战争中，大家都有共同的目标，地方军系虽对蒋的微词依旧，但至少保持合作的关系，战后因为内战的关系，军事领导与军系的问题再度浮现，最为明显的是蒋与桂系的关系。蒋犯了中国古代兵法“用人不疑、疑人不用”、“将在外、军令有所不从”的大忌。
战后是国民党发展的关键，挟抗战胜利，在美国的支持下，国民党进行受降与接收的工作，国共关于受降权的争执，实际上是战后初期国共两党分歧的焦点所在。承认我党的受降权，就意味着承认我党的政治地位，也代表我党在将来可以和国民党分享政权。国民党必然不会同意，因此刻意将我党贬为国家法统下的地方势力，以剥夺我党享有的受降、接收权利。
国民党既想独立进行各地的接收工作，伪军与解放军的问题自为国军将领所注意的焦点，白崇禧为副参谋总长，负有接收与剿共之责。鉴于华北以北地区党政军控制较弱，白崇禧于年8月24日上电蒋介石，要求重视华北地区的布防，要求迅速派部队由陆、空两途推进，控制要点，以免伪军被我军歼灭。
另一方面要求迅速发表北平行营主任的命令。同时建议由北平行营指挥河北滦东一带归顺的伪军，布防山海关喜峰口、古北口之线，以防其他部队进入东北境内，夺取伪械，发展组织，避免东北环境日趋困难。并建议黄河以北党政军各机关渐次向北推进，并请划定行营管辖区域及所属战区，俾便督导指挥。
从后来的发展而言，白崇禧的这份建言可以说算得上是高瞻远瞩了。
年6月1日，军事委员会撤销，同时成立参谋本部和国防部，陈诚和白崇禧分任参谋总长和国防部长，当论实权，参谋总长成为当时指挥军事的实际负责人。白崇禧虽任国防部长，对许多问题都深感无奈。
如战后陈诚把各战区的通讯兵团次第整编撤销，白赴洛阳、郑州视察时，发现通讯兵团的电台被撤销，无法与各地联络，认为在复员之际，如何能没有通讯机关，对陈的撤编甚表不满。
在战后国军的复员上，白主张先解决我党后，再进行军事复员，蒋则赞同陈诚的意见，先进行军事复员。
又如在四平的战略方面，白主张乘胜追击，打过松花江，蒋则不仅不赞同追击，且在美国的压力下于年6月6日颁布停战命令，对此白耿耿于怀，白先勇提到：
父亲一向冷静沉着，喜怒不轻易形于色，但不止一次，我亲眼看到他晚年在台湾，每提起这一段往事时，犹自扼腕顿足，憾恨之情，溢于言表，我很少看到父亲论事如此激动，即使论到徐蚌会战另一个与他纠葛甚深的战役，他也没有像对四平街会战感到如此痛心惋慨，四平街会战最后竟功亏一篑，一着棋错满盘皆输，这是父亲一直耿耿于怀，到他晚年亦常引以为憾的一件恨事。
虽然常有摩擦，但蒋、白的关系大抵良好，特别是在台湾二二八事件发生后，蒋询问白的意见，白建议暂缓军事行动，蒋同意。派白到台湾进行调查，白崇禧于3月17日来台宣慰，同行者有蒋经国、冷欣、吴石等14人。
考察结束后，白崇禧提出如下意见：1.改台湾省长官公署制度为台湾省，与台湾省警备总司令分设。2.省政府委员及各厅局长、县市长尽量任用本省人士。3.机关中同一职务或官阶者无论本省人或外省人，其待遇应一律同等。
蒋接纳其意见，并交行政院研议办理。
白虽负责军政，内战的重要决策由蒋统筹，但白仍竭尽提供各项意见，有许多建设性的建议。
军事方面，对于华北战局，白崇禧主张支持北平行辕主任李宗仁增调2个军于冀、察、热、绥后方要点。并主张放弃石家庄，将第三军转用于保定。西北方面：主张胡宗南主力撤出陕北，集中机动力量保护关中，与西北野战军决战。东北方面：东北现有行辕保安司令长官部指挥系统上叠床架屋，不免事权不一，宜使最高军事机构一元化。
政治和经济方面，最为后人所熟知的就是所谓的“总体战”计划：1.政府应变成战时体制，使能担任全国总动员之任务。简化各省政府行政组织，授权各省政府斟酌调整。2.经济上实施统制政策，汽油应专供军用。并迅速举办财产税，改革币制，重新划分中央与地方收支，以充实地方财政，并对作战经济作合理的调整。3.对桐油、大豆、茶、丝、猪鬃等项应奖励其生产与输出，以获取外汇，以实物结汇，使法币不与外币联结。
面和心不和的白崇禧与陈诚
白对蒋的直接指挥军事行动，颇多微词，年7月22日，魏德迈飞抵南京，白崇禧、司徒雷登以及翁文灏等前往机场接机。24日，白约魏德迈到私邸共进晚餐。
饭后，两人对南京政府面临的军事形势作长谈，白不讳言说：“一年来的作战经过，证明蒋介石在军事上指挥无能，现在战争的特质是争取时效，而蒋却以最高统帅，直接指挥到军级，甚至师级部队，使各部队指挥系统，不能发挥其应有的效用。”
此外，白对陈诚亦表不满，白崇禧担任华中剿总司令后，按规定应当驻武汉指挥全局，而陈诚为了不让白崇禧在华中好过，要求白崇禧兼九江前进指挥所主任，专驻九江对付在大别山活动的中原野战军，白崇禧一百个不愿意。
为打击陈诚嚣张气焰，年11月2日，白电蒋，要求组建最高统帅部，统一负责全国军事，成员有国防部长、参谋总长、陆军总司令。依自然地形，将剿共分为东北区、华北区（含冀晋热察绥5省）、华中区（含鲁豫苏皖鄂5省）、西北区等四个大区，任命智勇兼备者担任大区军政长官，最高统帅部只须提供原则，不必做细节的指示。
这个建议既打击了陈诚，又削弱了蒋介石微操和掌控国军的权力，自然不会被蒋介石接受，相反，却埋下了蒋、白二人矛盾公开化的种子。
这个种子在大半年后的竞选“副总统”一事中生根发芽了。
抗战胜利后，李白虽同为桂系首领，但待遇大不相同。李宗仁首先当了北平行营主任，可蒋介石处处限制李宗仁权力，又新设保定、张垣绥靖公署，统一指挥辖区内各路兵马，彻底剥夺了行辕大权。李宗仁在北平成了空头主任，据李宗仁自己所说：“每天连一份战斗详报都看不到。”
年4月，国民党政权进行所谓的“副总统”选举，不甘寂寞的李宗仁于是跳出来积极参选。
白崇禧、李宗仁同为桂系，当李宗仁积极布署时，白崇禧本来不赞成李竞选副总统，白崇禧认为李的参选，蒋不会支持，如果李、蒋发生冲突，他本人势必卷入漩涡，遭池鱼之殃，故要李打消参选的念头，以免牵累桂系。加上如果孙科出来竞选，两广分裂，会瓜分李的票。
但李决心不变，白只好全力支持，南京大悲园1号白的私邸于是成为李的竞选中心。终究在蒋介石与李宗仁中，白还是向派系倾斜。
蒋对李宗仁执意参选甚为不满，认为副总统的竞选党员互不相让，毁坏党国。对于桂系的不满表现于军队人事的纷争上，甚至怪罪白崇禧对陈诚的攻击，虽然李宗仁在副总统竞选中胜出，也种下蒋、李及蒋与桂系间的更大嫌隙。
白深知蒋对李的当选心生不满，于5月19日请辞国防部长之职：恳请体念下情，早日批准辞呈，皖西及豫鄂边境正在作战，对该方面军事望早派人统一指挥，免误戎机。
蒋批准其辞职，任命为战略顾问委员会主任委员兼华中剿匪司令。白不愿就任，6月6日上电请辞华中剿匪司令职务，蒋为安抚白，并借重白的战略长才，于隔日复电：“目前华中剿匪成败关系全般战局至巨，务望勉为其难，从速赴任，以期共济时艰。”白这才勉强就任。
白任华中剿匪总司令后，有3件事再度引起蒋、白之间的嫌隙。
其一，战略上意见的分歧：白调任华中剿匪总司令，驻节汉口，向蒋表示华中剿总的主要任务是保卫南京，并预测江北必将有一场决定性的恶战，为了保存国军实力，必需尽早确定“守江必守淮”的方针，建议将华中剿总设在蚌埠，能紧靠南京，在徐州、蚌埠间江淮地带，运用攻势，坚持长期作战，尤其重要的是必须统一指挥，不能分割，5省（山东、河南、江苏、安徽、江西）联防才能有效部署军队。
蒋将原先在黄淮平原一带的兵力分为武汉剿总（白崇禧）与徐州剿总（刘峙），互不隶属，又任命程潜为湘赣绥署主任兼湖南省主席，驻守长沙，制衡白崇禧。
白认为此两区域战略上应由一人指挥，李宗仁也建议由白统筹，蒋不采纳，白当时向蒋建议：中原大军分割使用，将来必败无疑。
在淮海战役开打之际，因为东北战事的逐渐失利，华中形势紧张，国防部长何应钦、参谋总长顾祝同10月22日在南京开会，研讨中原作战计划，何、顾等人认为徐州剿匪总司令刘峙处事犹豫难堪大任，建议由白崇禧统一指挥汉口、徐州两个剿总，蒋于10月底同意由白统筹。但此时战况与年夏已不相同。也种下淮海战役国军失利的原因之一。
其二，三大战役中淮海战役的援助问题：张发奎提到徐蚌会战时，徐州局势紧急，蒋想把桂系部队从武汉地区调到前线增援，虽然武汉没有险情，但华中剿总司令白崇禧拒绝了。
对此事，李宗仁为白辩解说：“当时还有一件事也是外界误传，说徐州危急时，白崇禧拒绝派兵援救。其实在双堆集全军覆灭的黄维兵团（共有10个师），便是白崇禧从华中调去的。
蒋确实命黄维兵团与张淦兵团驰援徐州，白认为此时解放军华东、中原野战军已汇集，调动此两兵团路程远，交通补给困难，不主张将此两兵团调往徐州，后来蒋一再催促，只好同意黄维兵团驰援。
黄维属于中央嫡系，听命往援，张淦兵团属于桂系，白不愿冒险，以武汉地区是战略要地，武汉地区如无重兵防守，刘伯承的部队进入武汉，则南京亦不保，因此决定不派张淦兵团增援。
蒋只好调动宋希濂的第十四兵团的第二、第二十、第二十八军，第十四兵团虽非白的主力，白为保存武汉的实力，阻止宋的部队北上。最后国军失利，蒋自然将责任归于白的不驰援。白先勇则为其父抱屈，认为：如果当初一开始蒋便采用父亲“守江必先守淮”策略，设剿总于蚌埠，由父亲统一指挥策画，恐怕战争结果不致如此。
其三，处置军火问题：年秋冬之交，白崇禧正在编练陈明仁的第一兵团，陈明仁原为蒋最信任的部将，年前四平街一役，在东北打了胜仗，此次奉命在两湖成立新编部队，颇为白崇禧所倚重，无奈陈氏所部都是杂凑来的，武器奇缺，屡请中央拨给，均无下文。
是时重庆兵工厂恰好有一批械弹东下，停泊汉江岸码头。白崇禧得讯，乃电参谋总长顾祝同，希望能以这批军火补给陈明仁，得到顾祝同的同意，但仍须等到向蒋介石报告后，才正式拨付。
白崇禧打电话向蒋介石请示，蒋答应可向顾总长商酌办理。白氏因急于取用，未待正式命令便径自将这批军火分给陈明仁。蒋对白崇禧扣械劫款抗命违调等事，并没有正式函电斥责，但对白崇禧的行为已经是极为不满。
当三大战役国军逐渐失利时，桂系及一些地方派系倡议与我党和谈；蒋介石认为北平与上海盛传对共和谈的谣传，是由于李宗仁久驻北平不返，以及美国人之恶意猜测而起。指责提倡和谈是投降主义，是不智之举。
此时李虽希望和平，态度暧昧，其后因辽沈战役国军失利，11月下旬，和平运动渐渐具体化。
首先发难者为华中剿匪总司令白崇禧，白对中央的反弹，远因是长期对中央的不满，近因则是遭撤换国防部长之职。由于白的态度已相当明显，因此蒋于年12月9日电陈诚：请健生表示态度事，此时殊无必要，不必进行。
12月下旬，淮海战役大局已定，22日，白崇禧的智囊邓汉祥透过吴忠信及张群等人建议蒋应顾全国本主动下野，由李依法继承大任。河南省政府主席张轸要求蒋总统详审利害，通电和平，并即毅然引退。
12月25日，白电蒋提到：一、先将真正和平诚意转知美国，请美国出面调处，或征求美国同意约同苏联斡旋和平。二、由民意机关向双方呼吁和平，恢复和平谈判。三、双方军队应在原地停止军事行动，听候和平谈判解决，并谓以上所陈乃多数忠贞而有意见者共同意见。12月30日，白再电蒋，希望恢复与我党谈判。
白的策略是以和备战，以拖待变，并希望美国出面干涉，这无异逼蒋将权力交由李宗仁。形势所迫，蒋介石不得不以退为进，1月8日，蒋派张群约黄绍竑自京飞往武汉及长沙，与白崇禧、程潜商讨引退之事，张、黄之行最主要的目的是稳定两湖。
白在得知蒋引退的意愿后，一方面邀请李济深入京，作国共间的调人；另一方面向蒋表达备战为谋和的基础。
李济深
蒋认为内部无论军事与政治干部，大都彼此分裂不能团结，矛盾百出。遂于1月21日正式引退下野。
蒋下野后仍兼国民党总裁，对桂系逼迫耿耿于怀，年3月7日记曰：革命纪律与党德全为李宗仁等扫地殆尽，白逆之罪恶更大，我民族与国家不幸遭此劫运，不知何日方能超脱。
南京解放后，白崇禧坚信华中可守，华中战局失败，他自信必要时退回两广，人熟地熟，处处以军事观点和局部形势为着眼点。
年5月后战局更紧，白面临内外挑战，华中军政长官所辖地区为豫、鄂、湘3省，徐蚌会战后，国防部根据战局演变的形势，重定华中战区的作战地境，本来江西划归白指挥，不料蒋介石又另成立一个“东南军政长官公署”，派陈诚为东南军政长官，驻台北，将江西划归其指挥。
我军发起渡江战役后，李、白与蒋又因3件事造成更大的分歧。
其一，李、白要求蒋交出军权与财权，并不断要求蒋出国，蒋甚为生气，坚决表示不愿出国，日记中提到：李致我谈话，其逼我出国之六条件，比共党之对余所提之逼降条件，用意更毒，其愚拙若数实为任何无耻军阀所不及。
其二，指责蒋私藏黄金之事，蒋分别于6月1日及6月3日的日记中提到：见张道藩报告李、白在中政会议捏造中央银行假数，指余藏匿美金有十亿之多，当时幸有前财政部长徐堪与央行总裁宣布其央行所有各种现款只有二亿七千万美金，更觉李、白之用议害陷及其人格之卑劣。彼之毁灭党国及陷害于余之心事已明目张胆，毫不掩饰。
其三，任命白为国防部长之事：李于11月再提任命白为国防部长，蒋表示反对，认为：应研究制度，军政与军令如今由国防部一人负责，前方各部队必极不安，白此时出任，恐于团结不利。
蒋、白的反共立场虽一致，但如何进行布局，两人的意见不一，且都因蒋的军事安排，使白的部署受到挫败。白最先以巩固华中战局为最主要布局，要求胡琏兵团先守上饶，保卫长江中下游，如上饶不守，可撤往赣江上游地区，协同桂军据险防守，阻止解放军进攻赣南。不料胡琏竟直接受蒋之命，率所部取道抚州、汀州，直退潮、汕，以保存实力。
为弥补胡琏所造成的裂隙，白急调原自安庆撤往鄂东的夏威兵团的第四十八军南下到赣江两岸防守，使防线大乱，宋希濂亦不肯听命，华中战区彻底瓦解。华中军政长官部迁至衡阳。后来在得知湖南省政府主席程潜和第一兵团司令陈明仁准备起义。为挽救此局，白飞长沙，希图说服程、陈两人，无功而返。程、陈与唐生智正式通电起义。白重新部署，但衡阳弹粮两缺，孤立无援。
华中战局失利，白本拟力守广西并逐步将军队撤退海南。10月7日，白崇禧将所部从衡阳撤回广西，以鲁道源第十一兵团守湘桂路正面。以黄杰的第一兵团守三江担任左翼，一部驰援黔东。以徐启明兵团守龙虎江，担任右翼。张淦兵团驻平乐，荔浦整补。
解放军解放广州后分两路，一路循西江而上直捣苍梧，攻击白崇禧部右侧；一路循四邑、两阳进逼雷州半岛，切断白部由广西撤往海南岛的退路。
11月5日，白崇禧在桂林榕湖公馆召开军事会议，参加的有华中军政副长官李品仙、夏威及参谋长徐祖诒、副参谋长赖光大、第一兵团司令黄杰、第三兵团司令张淦、第十兵团司令徐启明、第十一兵团司令鲁道源等人。
会上提出了两个军事行动的方案：甲案，向南行动，至钦州转运海南岛。乙案，向西行动，转至黔滇边境，进入云南。
当时我军在华南和中南的部队有四个兵团、十三个军，总兵力达55万人，武器装备均佳，白崇禧统率的4个兵团，总数30万人，兵力较我军减少一半，装备和兵源素质更加不如。
会中，对向南或向西行动，反复陈词，莫衷一是。黄杰、李品仙主张采用乙案，即向西行动，其余则支持甲案，主张到雷州半岛运往海南岛。‘’
白崇禧主张采用甲案。命黄杰兵团驰援黔东，策应刘嘉树的第十七兵团，张淦兵团南下陆川等地，鲁道源向信谊、茂名前进，以占领雷州半岛与海南岛为联系目标。
11月22日，黄杰的七十一军被打败，桂林解放。26日，第十一兵团部队在向信宜途中与解放军发生激战，兵团司令胡若愚被击毙，所部后撤，致张淦兵团暴露于我军攻击之前。
张淦统率的第三兵团（广西的精锐部队），左翼受到致命的威胁。遂放弃进军雷州半岛的打算，仓皇向西撤退。12月1日，张淦被俘虏。所属第七军、第四十八军、第一二六军，被我军各个击破。
不久，第七军军长李本一、第四十八军军长张文鸿亦被俘，一二六军军长张湘泽带少数部队向西撤退，辗转进入越南。白崇禧的桂军精锐，至此全部被歼。
白崇禧关照黄旭初即作离邕飞海南岛准备，并从南宁乘军机飞海南岛。华中剿总所辖约50万国军，仅有数万部队抵达海南岛。12月4日，白崇禧到海南岛。12月30日转往台湾。
白为何到台湾？最重要的理由就是其反共的坚决，当政府迁徙到台湾之后，党政军的重心转到台湾，台湾成为最重要的反共根据地，白崇禧选择来台自想发挥其作用。李宗仁劝了白崇禧好多次，白崇禧仍坚持来台湾。
在纽约，曾有美国记者问李宗仁：“白将军和李先生在中国并称李、白，为何白将军不选择和您一起到美国呢？”
李宗仁无奈地摇摇头：“他还在作着反攻广西的美梦，以为跟了蒋介石，他就可以重新当广西王了。”
可惜白到台湾后未受重用，与蒋的关系亦未见改善，从年1月初蒋的3则日记可见一斑。
「白尚要求十六万兵额之粮饷，其实未见其一兵一卒也，可恶无耻极矣」、「白崇禧又在台北作无耻无赖之宣传煽惑，希图作最后之毁蒋运动」、「广西子之丑态百出，不仅以国家为儿戏，而且不惜毁灭国家以妄求其李、白个人痴梦之实现，居正辈言行怪异，颠倒黑白，希图报复其昔日仇恨，以怨报德令人伤心。」
白则认为，蒋介石不信任他，主要原因是不给他机会解释，年1月12日，白崇禧呈蒋：因鉴于大局艰危，对内对外职尚有管见面陈，恐书不尽意，且为争取时间，故特亲自来台致敬，并拟有所面报，目前在钧座官邸因人多未便启齿，故在此间静候，恳请赐予进谒时间。
最后仍不能如愿与蒋进一步沟通，白崇禧虽获得陆大总教官与战略顾问之职，但终未再受重用。
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